Kościół pw. św. Izydora w Boninie powstał w końcu XV wieku na miejscu drewnianej budowli poprzedniego kościoła. Prawdopodobnie stanowił dominantę architektoniczno-wysokościową średniowiecznej wsi ponieważ stał na małym wzniesieniu. Wzniesienie z kościołem na mapach przedwojennych oznaczone było jako: Boniner Kirche Berge (Bonińskie Góry Kościelne).
Kościół został zbudowany jak większość w owym czasie w stylu gotyckim. Bryła kościoła postawiona jest na planie prostokąta z trójboczną absydą, która została dobudowana dopiero w XVI wieku. To budowla salowa, bez pierwotnie wyodrębnionego prezbiterium z cebulastą sygnaturą pod dębowym gontem. Nad nawą umieszczona jest ośmioboczna wieża nakryta barokowym hełmem z latarnią zakończoną metalowym krzyżem. Do wzniesienia ścian, oprócz cegły użyto sporych rozmiarów polnych kamieni. We wnętrzu świątyni ściany boczne mają ostrołukowe i półkoliste otwory okienne. Dach dwuspadowy jest pokryty dachówką ceramiczną. Pierwotnie kościół posiadał wieżę, która przestała istnieć w XIX wieku.
W 1842 roku kościół ze względu na zły stan ogólny został zamknięty, a następnie prowizorycznie zabezpieczony ze środków prezydenta pruskiej rejencji koszalińskiej Freiherr'a Schüler von Senden'a. W roku 1861 skolei został zamknięty przykościelny cmentarz. W 1907 roku jego syn Otto von Senden przy aprobacie superintendenta Braun'a z Koszalina, przystąpił do pełnej restauracji kościoła, którą ukończono w listopadzie 1910 roku. Oficjalne poświęcenie kościoła odbyło się 27.11.1910 roku. Nieprzerwanie, aż do roku 1945 co 3 tygodnie odbywały się w nim nabożeństwa.
Co ciekawe niemieckie mapy topograficzne wydawane do 1929 roku pokazywały kościół ciągle pozostający w ruinie. Wynikało to z tego, że przy publikacjach korzystano ciągle z danych pochodzących z okolic roku 1900.
Po zakończeniu II Wojny Światowej kościół nie miał właściciela i nie został przekazany parafianom. Na początku próbowano z niego zrobić magazyn. Kościół pw. św. Izydora w Boninie został wpisany do rejestru zabytków pod nr 384 dnia 14.04.1964r. W 1969 roku został przekazany Muzeum Pomorza Środkowego w Słupsku. W roku 1970 planowano w nim otwarcie wystawy popularyzującej dorobek Instytutu Ziemniaka oraz punkt sprzedaży pamiątek z wyszynkiem herbat i kawy a następnie klubokawiarnię "RUCH".
W 1979 roku, dzięki staraniom mieszkańców Bonina, kościół został przekazany parafii pw. św. Wojciecha w Koszalinie. Ówczesny proboszcz parafii ks. Marian Błaszczuk przywrócił po remoncie kościół do kultu religijnego, który dnia 09.09.1979 roku został przekazany parafii, a dnia 05.09.1981r. został poświęcony przez Biskupa Koszalińsko-Kołobrzeskiego Ignacego Jeża. Początkowo należał do parafii św. Wojciecha w Koszalinie. Póżniej do 1997 roku należał do parafii pw. Matki Bożej Wspomożenia Wiernych w Manowie. Od 12 stycznia 1997 roku kościół jest już świątynią filialną Parafii Rzymskokatolickiej pw. Trójcy Świętej w Kretominie.
W roku 1997 ceglana posadzka została naprawiona z uwagi na jej duże zużycie. W latach 1997/98 na sygnaturce położono dębowe klepki gontu, które impregnowano ciśnieniowo w tartaku w Manowie. We wrześniu 1998 roku został wykonany remont instalacji elektrycznej i przyłącza elektrycznego kościoła. Z uwagi na wymogi bezpieczeństwa skrzynka energetyczna musiała znajdować się na zewnątrz kościoła. Z tego powodu została wykonana kapliczka z figurą Jezusa Chrystusa i z pamiątkowa tablicą upamiętniającą "20-lecie odzyskania kościoła do kultu religijnego", która zamaskowała tą skrzynkę. Kapliczka z tablicą została poświęcona we wrześniu 1999 roku przez Biskupa Ignacego Jeża.
W latach 2002–2003 przeprowadzono remont kapitalny wieżyczki kościoła. Od roku 2015 rozpoczęły się prace z wykonaniem tryptyku w prezbiterium kościoła, autorstwa Bogusława Lorka. Obrazy do tryptyku wykonała siostra Sara ze Zgromadzenia Sióstr Jezusa Miłosiernego. Tego samego roku wymieniono drzwi kościoła oraz wykonano izolację na powierzchni sklepienia absydy. W roku 2018 przeprowadzono fumigację (zwalczenie szkodników drewna) pomieszczenia nawy i prezbiterium.
Kościół jest otoczony starodrzewem, głównie jesionami. Teren wokół kościoła kryje dawny cmentarz, w średniowieczu katolicki, a po 1534 roku ewangelicki. Niestety nagrobki nie zachowały się do dnia dzisiejszego. W latach 70-tych ubiegłego stulecia na cmentarzu wybudowano parking.
Zachodniopomorski Wojewódzki Konserwator Zabytków w Szczecinie, z uwagi na zły stan i zagrożenia dla obiektu, zlecił w 2020 roku opracowanie ekspertyzy konserwatorskiej i budowlanej wraz z badaniami geotechnicznymi, w celu opracowania, w oparciu o wynikające z ekspertyz wnioski,
zaleceń konserwatorskich. Finalnie potwierdzono konieczność przystąpienia do prac konserwatorskich, restauratorskich oraz robót budowlanych o charakterze ratunkowym dla kościoła. We wrześniu 2024 roku ogłoszono oficjalnie zamówienie publiczne pt. "Remont kościoła p.w. Św. Izydora Oracza w Boninie wraz z rewitalizacją terenu". Wyłoniony wykonawca będzie miał 13 miesięcy na przeprowadzenie kapitalnego remontu kościoła.
Źródło:
strona Parafii Rzymskokatolickiej p.w. Trójcy Świętej w Kretominie;
opracowanie "Architektura średniowiecznych kościołów wiejskich Pomorza na wschód od Regi" - Marek Ober 1993;
opracowanie "Bonin" - Krystyna Bastowska
