Kościół pw. św. Izydora w Boninie powstał w XV wieku na miejscu drewnianej budowli poprzedniego kościoła. Prawdopodobnie stanowił dominantę architektoniczno-wysokościową średniowiecznej wsi ponieważ stał na małym wzniesieniu. Wzniesienie z kościołem na mapach przedwojennych oznaczone było jako: Boniner Kirche Berge (Bonińskie Góry Kościelne).
Kościół został zbudowany jak większość w owym czasie w stylu gotyckim. Bryła kościoła postawiona jest na planie prostokąta z trójboczną absydą. To budowla salowa, bez pierwotnie wyodrębnionego prezbiterium z cebulastą sygnaturą pod dębowym gontem. Nad nawą umieszczona jest ośmioboczna wieża nakryta barokowym hełmem z latarnią zakończoną metalowym krzyżem. Do wzniesienia ścian, oprócz cegły użyto sporych rozmiarów polnych kamieni. We wnętrzu świątyni ściany boczne mają ostrołukowe i półkoliste otwory okienne. Dach dwuspadowy jest pokryty dachówką ceramiczną.
W 1842 roku kościół ze względu na zły stan ogólny został zamknięty, a następnie prowizorycznie zabezpieczony ze środków prezydenta pruskiej rejencji koszalińskiej Freiherr'a Schüler von Senden'a. W 1907 roku jego syn Otto von Senden przystąpił do pełnej restauracji kościoła, którą ukończono w listopadzie 1910 roku. Co ciekawe niemieckie mapy topograficzne wydawane do 1929 roku pokazywały kościół ciągle pozostający w ruinie. Wynikało to z tego, że przy publikacjach korzystano ciągle z danych pochodzących z okolic roku 1900. Po zakończeniu II Wojny Światowej kościół nie miał właściciela. Od roku 1953 do 1979 został nawet zamieniony na klubokawiarnię. Makabryczną ciekawostką jest informacja, iż po likwidacji klubokawiarni budynek kościoła pełnił przez moment funkcję magazynu. To właśnie wtedy do budynku przez uchylone drzwi dostał się zerwany z uwięzi koń, który nie mógł się z niego już wydostać i zakończył w nim swój żywot. Wydaje się jednak, że to zdarzenie jest powielaną historią która miała mieć miejsce w XIX wieku.
W 1979 roku, dzięki staraniom mieszkańców Bonina, kościół został przekazany parafii pw. św. Wojciecha w Koszalinie. Ówczesny proboszcz parafii ks. Marian Błaszczuk przywrócił kościół do kultu religijnego, który dnia 09.09.1979 roku został poświęcony przez Biskupa Koszalińsko-Kołobrzeskiego Ignacego Jeża. Do 1997 roku należał do parafii pw. Matki Bożej Wspomożenia Wiernych w Manowie. Od 12 stycznia 1997 roku kościół jest świątynią filialną Parafii Rzymskokatolickiej pw. Trójcy Świętej w Kretominie.
We wrześniu 1998 roku został wykonany remont instalacji elektrycznej i przyłącza elektrycznego kościoła. Z uwagi na wymogi bezpieczeństwa skrzynka energetyczna musiała znajdować się na zewnątrz kościoła. Z tego powodu została wykonana kapliczka z figurą Jezusa Chrystusa i z pamiątkowa tablicą upamiętniającą "20-lecie odzyskania kościoła do kultu religijnego", która zamaskowała tą skrzynkę. Kapliczka z tablicą została poświęcona we wrześniu 1999 roku przez Biskupa Ignacego Jeża. W latach 2002–2003 przeprowadzono remont kapitalny wieżyczki kościoła. Od roku 2015 rozpoczęły się prace z wykonaniem tryptyku w prezbiterium kościoła, autorstwa Bogusława Lorka. Obrazy do tryptyku wykonała siostra Sara ze Zgromadzenia Sióstr Jezusa Miłosiernego. W roku 2018 przeprowadzono fumigację kościoła – czyli zwalczenie szkodników drewna.
Kościół jest otoczony starodrzewem, głównie jesionami. Teren wokół kościoła kryje dawny cmentarz, w średniowieczu katolicki, a po 1534 roku ewangelicki. Niestety nagrobki nie zachowały się do dnia dzisiejszego. W latach 70-tych ubiegłego stulecia, kiedy kościół zamieniono na klubokawiarnie, na cmentarza wybudowano parking.
Kościół pw. św. Izydora w Boninie został wpisany do rejestru zabytków pod nr 384 dnia 14.04.1964r.
Źródło:
m.in. strona Parafii Rzymskokatolickiej p.w. Trójcy Świętej w Kretominie
